@cosa è il file system: il file system è come il sistema vede, accede, scrive e utilizza il disco, il tipo di utilizzo non dipende dall'hardware ma da come vengono gestiti i settori e la tabella delle partizioni, i sistemi fat32 non possono trattare file più grandi di tot giga (non ricordo quanti).
@perchè mettere NTFS: ntfs è l'ultimo standard digitale uscito per windows, tra i vari bug è stato corretto anche questo problema della dimensione massima del file, il sistema ntfs è anche più sicuro perchè la procedura di scrittura sul disco viene "controllata" per garantirne l'integrità, inoltre una operazione di scrittura è ININTERROMPIBILE sia a livello software che driver, l'unico modo per bloccare la scrittura di un settore è interrompere l'alimentazione che, per fortuna, viene per qualche attimo mantenuta negli HD di più nuova concezione da degli accumulatori che permettono di terminare la scrittura del settore e quindi di non danneggiarlo/bruciarlo.
@perchè non metterlo: passare a NTFS su dispositivi rimovibili potrebbe renderli incompatibili con software meno aggiornati e con i media player/home theater non molto recenti, inoltre a causa dei maggiori controlli potresti notare un calo di prestazioni che, anche se lieve, sui pc più vecchi è visibile.
A TE LA SCELTA